Pärnu Vabakooli Seltsi juhatus on valitud lapsevanemate seast PVSeltsi üldkoosolekul ja on 7-liikmeline. Lisaks valitud liikmetele kuulub juhatusse ka kooli juhataja. Seltsi juhatus saab kokku vähemalt 1 kord kuus, juhatuses töötamise periood on 2 aastat. 

Seltsi juhatus tegeleb jooksvate küsimustega, näiteks üritused, suuremad rahalised väljaminekud ja sissetulekud, õppe- ja töömiljöö, kooli maine kujundus, kooli korrashoid, suhted, fondid, koolitus jmt. Igal juhatuse liikmel on juhatuses ka konkreetne vastutuse valdkond (vt tabelit).

Oleme avatud uutele ideedele, mis tulevad vanematelt. Oma mõtteid saab jagada kõigi juhatuse liikmetega, kontakte vaata allolevast tabelist. Juhatuse koosolekute protokolle saavad asjast huvitatud lugeda kooli sekretäri juures.

Kooli pedagoogilise töö eest vastutavad kooli juhataja ja õppealajuhataja. Vajaduse korral tehakse koostööd ka juhatusega.